半制備/制備型液相色譜柱的系統由儲液器、泵、進樣器、色譜柱、檢測器、記錄儀等幾部分組成。儲液器中的流動相被高壓泵打入系統,樣品溶液經進樣器進入流動相,被流動相載入色譜柱(固定相) 內, 由于樣品溶液中的各組分在兩相中具有不同的分配系數, 在兩相中作相對運動時, 經過反復多次的吸附- 解吸的分配過程, 各組分在移動速度上產生較大的差別, 被分離成單個組分依次從柱內流出, 通過檢測器時, 樣品濃度被轉換成電信號傳送到記錄儀,數據以圖譜形式打印出來。
半制備/制備型液相色譜柱柱接頭采用低死體積結構，柱接頭是兩端螺紋組件，一端是為7/16英寸內螺紋，另一端是3/16英寸的內螺紋(國內外已規范化)。7/16英寸內螺紋與1/4英寸柱管(Φ6.35mm)連接，中間放置壓環用于密封。3/16英寸的內螺紋與1/16英寸(Φ1.57mm)的連接管連接，中間也放置壓環用于柱接頭的密封。為了盡量減少柱外死體積，在安裝色譜柱時，用Φ1.57mm連接管通過空心螺釘壓環后要盡量插到底，然后再擰緊空心螺釘。壓環被空心螺釘擠壓變形后緊箍在連接管上(連接管通過壓環后露出的管長度應嚴格控制在2.5mm長或其他固定尺寸)。
在兩端柱接頭內，柱管兩端各放置一片不銹鋼濾片(或濾網)，用于封堵柱填料不被流動相沖出柱外而流失。空柱各組件均為316L不銹鋼材質，能耐受一般的溶劑作用。但由于含氯化物的溶劑對其有一定的腐蝕性，故使用時要注意，柱及連接管內不能長時間存留此類溶劑，以避免腐蝕。
半制備/制備型液相色譜柱的常見故障排除：
1、柱壓過高
可能是微粒堵塞. 柱床膨脹，不可逆吸附， 細菌生長等造成的。也有可能是系統反壓問題， 例如阻尼器堵塞，進樣器堵塞， 管路或連接口堵塞. 在線過濾器不干凈， 壓力傳感器不準確等。
2、柱效低
可能是色譜柱被污染、 過濾片部分堵塞、色譜柱內的死體積造成，例如流動相p H值或者組成不合適造成固定相損失。 流動相急劇變化造成固定相物理損壞， 機械振動造成固定相產生裂縫，柱床收縮或干枯。
也有可能是儀器連接的問題， 認真檢查進樣器、檢測器、 管路、 保護柱和在線過濾器等是否連接好，也可能是色譜柱沒有平衡好， 進樣量過大等問題。
3、重復性差、不出峰、回收率低
可能是色譜柱被污染， 流動相 p H值或者組成不合適造成固定相損失 ， 樣 品溶劑 不同或樣品本身不穩定， 固定 相極性過強或者流動相極性過弱. 或者發生非特異性吸附。也可能梯度實驗時平衡時間不足，溫度波動， 流動相組成改變， 樣品溶劑不同， 樣品穩定性不好，方法的開發不好， 緩沖液的酸堿度不合適或者緩沖能力不足。
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